Koleksi ini mengumpulkan bahan-bahan mengenai sejarah dan perkembangan UKM, merangkumi terbitan rasmi dan rekod universiti, karya ahli-ahli akademik terbitan Fakulti / Jabatan, terbitan Penerbit UKM serta lain-lain terbitan warga kampus.
Koleksi Arkib juga merupakan koleksi memori institusi yang diwujudkan bagi tujuan pemeliharaan bahan serta memenuhi keperluan rujukan dan penyelidikan. Beberapa buah pangkalan data telah dibangunkan untuk kemudahan rujukan para pelanggan perpustakaan. Antara bahan-bahan yang telah didigitasikan adalah Laporan Penyelidikan dan Keratan Akhbar mengenai UKM. Koleksi Arkib diurus sebagai Koleksi Tertutup dan boleh dirujuk semasa waktu pejabat di aras 6.
Koleksi Khas diwujudkan serentak dengan penubuhan Perpustakaan Universiti Kebangsaan Malaysia pada tahun 1970. Usaha untuk memperolehi bahan-bahan koleksi ini giat dijalankan sejak tahun 1970 dengan menumpukan perhatian kepada bahan-bahan penyelidikan.
Koleksi Khas mengumpulkan bahan-bahan yang terdiri daripada bahan-bahan habis cetak (nadir), manuskrip bernilai tinggi dan cetakan pertama dari penerbitan klasik. Kini, Koleksi Khas menjadi tulang belakang kepada Koleksi Penyelidikan yang memainkan peranan sebagai sumber penyelidikan para penyelidik dalam dan luar negeri.
Koleksi Khas mengandungi lima koleksi kecil yang mempunyai keistimewaan tersendiri:
🔰Koleksi Nadir mengandungi 1,876 judul yang terdiri dari bahan-bahan habis cetak, bernilai tinggi dan diterbitkan sebelum tahun 1950 bagi bahan-bahan Asia Tenggara serta 1,900 bagi bahan-bahan lain.
🔰Koleksi Manuskrip mengandungi 81 judul adalah bahan manuskrip Melayu, Arab dan beberapa bahasa lain. Kebanyakkan manuskrip Melayu adalah mengenai kerajaan Kesultanan Acheh.
🔰Koleksi Cina Peranakan mengandungi 1,343 judul dan ia adalah hasil penulisan Cina Peranakan Indonesia yang ditulis dalam awal tahun 1900. Koleksi ini merupakan satu daripada Koleksi-koleksi Cina Peranakan Indonesia yang terbesar di dunia.
🔰Koleksi Schacht adalah satu koleksi peribadi seorang orientalis berbangsa Jerman yang banyak menulis mengenai Islam iaitu Joseph Schacht. Ianya telah dibeli oleh perpustakaan pada tahun 1972. Koleksi ini mengandungi 3,035 judul (1,400 daripadanya dalam bahasa Arab) merangkumi bidang-bidang al-Quran, hadith, undang-undang Islam, sejarah dan tamadun Islam.
🔰Koleksi Sumbangan (Peribadi) terdiri daripada koleksi peribadi milik tokoh-tokoh tempatan dan luar negara yang bersesuaian dengan program akademik UKM. Koleksi ini telah disumbangkan kepada perpustakaan untuk rujukan penyelidik. Koleksi yang mempunyai keistimewaan dalam koleksi peribadi ini ialah Koleksi Harun Aminurrashid.
🔰Koleksi Harun Aminurrashid mengandungi 1,306 judul dan ianya adalah koleksi peribadi yang telah dihadiahkan oleh Harun Aminurrashid dan keluarga.